Crise sanitaire en Inde : ce qu’on sait du variant B.1.617

L’Inde fait actuellement face à une seconde vague de COVID-19 dévastatrice. Son système de santé s’est effondré, débordé par le nombre de cas et affaibli par une pénurie d’oxygène pour les patients sous respirateurs.

Selon le Guardian, près de 1,6 million de cas ont été enregistrés en une semaine. Le taux de positivité des tests a atteint 17% dans le pays (soit le double de ce qu’il était il y a 12 jours), et il grimpe même à 30% à Delhi, où 65% des personnes hospitalisées ont moins de 40 ans. La situation est « catastrophique », témoignent de nombreuses personnes sur les réseaux sociaux. Il n’y a plus de place dans les hôpitaux et le pays déplore en ce moment 2000 morts et 300 000 nouveaux cas par jour – un triste record mondial depuis le début de la pandémie. «On pratique des crémations sur le bord des routes car on a trop de corps à brûler. C’est extrêmement triste», témoigne Arinjay Banerjee, chercheur en virologie au VIDO-Intervac à l’Université de la Saskatchewan, dont la famille proche réside en Inde.

Parallèlement, un nouveau variant, appelé B.1.617, a été détecté dans le pays et pourrait être particulièrement contagieux, bien que l’on manque encore de données pour le certifier. Repéré pour la première fois en octobre, il semble se répandre en Inde et y est désormais responsable du quart des infections au moins (jusqu’à 80% dans certaines régions).

Ce variant a été repéré en Mauricie le 21 avril chez un patient ayant reçu une première dose de vaccin en janvier; ce dernier n’a pas développé de forme grave et est entièrement remis, selon la CBC. Plusieurs cas ont aussi été détectés dans d’autres pays, dont le Royaume-Uni.

Selon les autorités de santé indiennes, l’augmentation des cas ne serait pas liée à l’émergence du variant. Cependant, le manque de données empêche d’avoir un tableau clair de la situation. «Avec autant de cas par jour, il est très difficile de séquencer une proportion importante des prélèvements», indique Arinjay Banerjee.

Seulement 1,33% de la population est complètement vaccinée, selon les données de l’Université Johns Hopkins. «Ce qui représente tout de même beaucoup de monde, dans un pays de 1,3 milliard d’habitants, précise Arinjay Banerjee. Il y a d’importants défis logistiques pour vacciner autant de personnes. Par ailleurs, il est très difficile d’imposer des confinements stricts en Inde. Pour de nombreuses personnes, être confiné signifie ne pas être capable de toucher son gagne-pain et équivaut à mourir de faim.»

Two months ago India confirmed 11,300 cases per day.

This shows the rise of confirmed cases since then.
A straight line on a logarithmic axis tells you that you are looking at exponential growth with a constant growth rate.

Now India confirms more than 200,000 cases a day. pic.twitter.com/JOnJpTxdEW

— Max Roser (@MaxCRoser) April 18, 2021

Ce variant est-il plus contagieux?

C’est probable, car il possède deux mutations qui affectent le spicule (la protéine S ou Spike) en surface du virus, et plus précisément le site de la protéine qui permet au virus de se fixer sur le récepteur ACE2 pour entrer dans nos cellules. Pour cette raison, certains médias ont parlé de « double mutant ». Ceci dit, cette appellation n’a pas trop de sens car d’autres variants arborent plusieurs mutations dans la protéine S. En outre, d’autres mutations (une douzaine) sont également présentes ailleurs dans le génome de ce variant.

Les deux mutations qui préoccupent les experts sont:

• la mutation nommée L452R, également présente sur le variant dit « californien ». Une étude préliminaire indique que cette mutation permet au virus de se fixer plus efficacement au récepteur ACE2. «Une autre étude expérimentale a montré que la mutation augmentait le taux d’infection des cellules en laboratoire, ajoute Arinjay Banerjee. Elle pourrait aussi être associée à une moindre efficacité de certaines cellules immunitaires [dirigées contre d’autres versions du virus]. »
• la mutation E484Q, qui a elle aussi un effet potentiel sur la transmissibilité du virus. « On est encore en train de l’étudier, mais on connaît une mutation au même endroit, la E484K [qu’on retrouve sur le variant P1 qui sévit au Brésil], qui a été associée à une perte partielle d’efficacité des anticorps neutralisants », explique le chercheur. Autrement dit, cette mutation pourrait aider le virus à « échapper » aux anticorps générés par les vaccins ou une infection naturelle.

Peut-il déjouer l’immunité?

Ce variant « nous inquiète un peu plus que les autres parce qu’on sait qu’il réagit moins bien aux vaccins que l’on a présentement», a déclaré le ministre de la Santé, Christian Dubé, en entrevue à TVA.

A priori, aucune donnée solide ne permet d’affirmer ceci, même si la mutation L452R a été associée, dans des travaux préliminaires, à un certain « échappement » immunitaire comme mentionné ci-dessus, tout comme la E484K.  « Ce n’est pas un échappement de 100%, rassure le virologue. Et pour l’instant, il est trop tôt pour se prononcer sur ce variant B.1.617: nous ne savons pas. »

Les anticorps générés par les vaccins existants et par une infection avec une autre souche de la COVID-19 sont multiples et ciblent différents sites de la protéine S, tout comme les cellules immunitaires.

Rappelons que l’immunité est complexe et que prévoir la durée et la « force » de la réponse immunitaire post-COVID ou après la vaccination reste pour l’instant impossible.

Lire à ce sujet : COVID-19: L’immunité, la question à un million de dollars