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Le variant Omicron déferle sur l’Afrique du Sud depuis sa découverte le 24 novembre. Il devient rapidement la souche dominante et a été détecté dans plus de 30 pays.
En Afrique du Sud, l’épidémie de COVID-19 est repartie de plus belle sous l’effet de l’émergence d’Omicron, au point que le taux de positivité des tests diagnostiques est passé de 2% à 24% en deux semaines. Ce variant est aussi responsable de flambées épidémiques en Corée du Sud et aux Émirats arabes unis. Il se propage rapidement aux États-Unis et il est au cœur d’un événement de super-propagation en Norvège, où jusqu’à une soixantaine de personnes auraient pu contracter l’infection après une fête de Noël, pour ne citer que quelques exemples. [Mise à jour 16 décembre: Le Royaume-Uni a enregistré cette semaine son record de cas quotidiens depuis le début de la pandémie, avec une proportion croissante de cas liés à Omicron. Au Canada, les cas se multiplient également et la transmission communautaire d’Omicron est avérée.]
Bref, ce variant semble hautement transmissible. Fort d’une trentaine de mutations dans la protéine S, la protéine qui s’ancre à nos cellules, il pourrait être suffisamment différent de ses prédécesseurs pour causer des réinfections.
« D’après les chiffres qui sortent au Royaume-Uni, où les données de séquençage sont les meilleures, il semble que ce variant se propage à un rythme inédit, dans un contexte où le variant Delta est encore en circulation. C’est impressionnant et ça laisse penser que la transmissibilité est vraiment accrue. Mais il est encore trop tôt pour en être certain », a commenté Jeremy Luban, chercheur en virologie à l’Université du Massachusetts, lors d’un webinaire organisé le 7 décembre par le consortium MassCPT (Massachusetts Consortium on Pathogen Readiness).
Échappement immunitaire?
Ce que craignent les experts, c’est non seulement une plus grande transmissibilité, mais aussi une virulence accrue et un risque d’échappement immunitaire : cela signifie que les anticorps développés grâce au vaccin ou à une précédente infection par un autre variant seraient potentiellement moins efficaces contre le variant Omicron. On parle de réduction de la neutralisation du virus, les anticorps ayant pour rôle de s’accrocher au virus pour l’immobiliser, en quelque sorte.
Une première étude en prépublication, menée par des chercheurs sud-africains sur des échantillons sanguins d’une douzaine de personnes vaccinées par le vaccin Pfizer, a ainsi révélé une importante réduction de la neutralisation (40 fois moindre) par rapport aux variants précédents du coronavirus. « L’échappement immunitaire n’était toutefois pas total », ont noté les chercheurs.
D’autres résultats préliminaires obtenus in vitro par des chercheurs suédois semblent également indiquer une baisse d’efficacité des anticorps développés grâce au vaccin ou à une précédente infection contre le variant Omicron. Cette réduction de neutralisation est hautement variable, certains échantillons ne montrant aucune différence et d’autres montrant une réduction d’un facteur 25.
« Les anticorps sont une barrière capable d’arrêter le virus avant qu’il se multiplie dans les voies respiratoires. Mais il y a d’autres mécanismes immunitaires ensuite en cas d’infection », a rappelé Jeremy Luban. Autrement dit, l’analyse de la neutralisation des anticorps in vitro est partielle et ne reflète pas la complexité de la réponse immunitaire réelle.
Cependant, une étude sud-africaine (non publiée) portant sur plus de 35 000 réinfections récentes suggère que le risque de réinfection est 3 fois plus élevé avec Omicron qu’avec Delta.
« Nous devons nous préparer à ce qu’Omicron devienne rapidement dominant, car son taux de transmission semble bien plus élevé que ceux des précédents variants. On constate en Afrique du Sud qu’il s’implante avec succès dans des populations où il y a une certaine immunité. Cela peut être dû à sa grande transmissibilité intrinsèque et à sa capacité à échapper au système immunitaire. Démêler ces deux propriétés est compliqué », a ajouté lors de la rencontre Jacob Lemieux, chercheur en maladies infectieuses à l’École de médecine de Harvard.
Ce variant cause-t-il davantage de symptômes graves?
Difficile à dire pour l’instant, même si les hospitalisations des adultes ne semblent pas augmenter au même rythme que les contaminations en Afrique du Sud. L’existence d’un certain degré d’immunité peut aussi influencer les données, puisque les formes sévères de COVID-19 sont moins fréquentes chez les personnes immunisées. « La grande crainte qu’il y a en Afrique du Sud, c’est qu’Omicron puisse entraîner des symptômes plus sévères chez les enfants, car les premières données suggèrent une hausse des hospitalisations pédiatriques, a commenté Karen Jacobson, professeure de médecine à l’Université de Boston. Il va falloir surveiller cela. »
Si jamais Omicron s’avère moins pathogène que Delta et les autres, il ne faudra pas crier victoire trop vite pour autant, avertit Jacob Lemieux. « Un virus moins virulent, mais plus transmissible pose aussi des problèmes, notamment une transmission alimentée par des personnes asymptomatiques, et la difficulté à distinguer ce virus d’autres pathogènes comme le rhume, par exemple. »
Une chose est sûre : les experts ont tous les yeux rivés sur Omicron et les données des prochaines semaines seront cruciales pour mieux prévoir ce qu’il nous réserve.