Séquençage génétique à haut débit. Source: National Cancer Institute
Alors que le Royaume-Uni, le Brésil, le Japon et l’Afrique du Sud font face à de nouveaux variants du virus SARS-CoV-2, potentiellement plus contagieux, la surveillance génomique s’intensifie au Québec.
Le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) coordonne, à l’échelle de la province, le séquençage des virus prélevés chez les personnes atteintes de la COVID-19 avec le Centre de génomique de McGill. En « décryptant » ainsi l’intégralité du génome de certains virus en circulation, les scientifiques peuvent déceler les nouvelles souches, repérer les mutations et mieux comprendre la propagation de l’épidémie dans la province.
Sandrine Moreira, responsable de la coordination génomique et de la bio-informatique au LSPQ, nous explique en quoi consiste la surveillance génomique.
Québec Science: Comment se déroule la surveillance des différentes souches du virus au Québec?
Sandrine Moreira: L’effort de séquençage a commencé relativement tôt, dès avril 2020. L’objectif au départ était de comprendre d’où venaient les souches retrouvées au Québec, de retracer l’histoire des introductions et d’étudier les éclosions.
Tous les sites qui pratiquent des tests diagnostiques au Québec (il y en a aujourd’hui 80) envoient les échantillons positifs dans une biobanque à Chicoutimi. Certains de ces échantillons sont sélectionnés pour être séquencés. On séquence environ 5% des échantillons mais nous avons révisé nos objectifs pour atteindre 10%, afin de repérer rapidement les nouveaux variants en circulation. Il s’agit à la fois de séquençages aléatoires et de séquençages ciblés, pour augmenter nos chances de trouver d’éventuels variants problématiques.
QS: Comment ciblez-vous les cas suspects?
SM: Nous nous concentrons notamment sur les réinfections, car une personne qui attrape la maladie une seconde fois a peut-être contracté une nouvelle souche particulière. Pour pouvoir confirmer que c’est une réinfection, il faut que la seconde souche soit différente génétiquement de la première. Grâce à la biobanque, nous pouvons retrouver la souche en cause dans le premier épisode et étudier ces cas. Pour l’instant, les données sont encore à l’étude.
QS: Les données sur les nouveaux variants, comme le B.1.1.7, vont-elles être disponibles publiquement?
SM: Oui, c’est ce que nous souhaiterions, nous sommes en train d’en discuter avec le gouvernement et la direction de la Santé publique pour savoir comment diffuser l’information. Mais, en attendant, je ne peux pas partager les données.
QS: Les Centres pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) américains ont annoncé que le variant « britannique », le B.1.1.7, pourrait être dominant aux États-Unis dès le mois de mars. En France, une étude de l’Inserm vient de conclure la même chose. Qu’en est-il ici?
SM: Je ne suis pas surprise par ces déclarations, c’est cohérent avec ce qui se passe au Royaume-Uni (où la souche est rapidement devenue dominante). Nous n’avons pas encore de chiffres disponibles au Québec, mais la rapidité de transmission de ce variant va dépendre des contacts entre les personnes et du respect des mesures sanitaires.
QS: Le LSQ travaille-t-il avec les autres provinces canadiennes?
SM: Tout à fait. Toutes les provinces ont un laboratoire de santé publique, et le gouvernement fédéral gère le Laboratoire national de microbiologie à Winnipeg. Tout ceci constitue un réseau, soutenu par Génome Canada, qui participe au projet de surveillance pancanadienne.
Au Québec, nos séquençages se font aussi avec le Centre de génomique de McGill et bientôt avec Génome Québec, pour augmenter notre capacité. Le séquençage en soi est automatisé, mais la coordination est tout un défi. En ce moment, on parle de 2000 échantillons positifs par jour!