L’Institut de virologie de Wuhan, qui abrite un laboratoire de niveau 4. Image: Wikipédia, Ureem2805
Le virus responsable de la pandémie de COVID-19 s’est-il échappé d’un laboratoire de recherche à Wuhan?
Ce qui apparaissait au début de la pandémie comme une théorie du complot, rapidement écartée par les premières déclarations des chercheurs, est à nouveau examinée avec beaucoup de sérieux.
La maladie a émergé dans une ville qui héberge un laboratoire de niveau 4, l’Institut de virologie de Wuhan, un type de laboratoire hautement sécurisé dans lequel on manipule des virus dangereux (l’institut héberge aussi d’autres laboratoires moins sécurisés, de niveaux 2 et 3). Plus précisément, cet établissement se spécialise dans l’étude des coronavirus de chauve-souris et en possède une large collection. Plusieurs experts avancent qu’il n’est pas impossible qu’un virus, stocké dans le laboratoire, s’en soit échappé accidentellement et ait initié la pandémie. Ils appellent à ce que cette piste soit explorée sérieusement.
Notons toutefois que pour l’instant, aucune preuve concrète n’a été apportée pour soutenir cette théorie, et l’origine naturelle semble toujours la plus probable.
Le problème, cependant, c’est que l’enquête piétine. Début 2021, une mission de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) dépêchée en Chine pour trouver l’origine du virus est revenue quasiment bredouille, sans avoir pu écarter cette piste. Par ailleurs, de nouveaux éléments ont été livrés par les services de renseignement américains, sur fond de tensions politiques entre la Chine et les États-Unis (la Chine rejette fermement l’hypothèse de l’accident).
Et fin mai, le président des États-Unis Joe Biden a demandé aux responsables du renseignement de « redoubler d’efforts » pour enquêter sur les origines de la COVID-19. Un rapport est attendu d’ici la fin de l’été.
Cette difficulté à cerner le point de départ de l’épidémie est tout à fait normale : remonter aux origines d’un nouvel agent infectieux est un processus complexe, qui requiert de nombreux échantillonnages (dans l’environnement, chez les animaux et les humains) et analyses génétiques. Il a notamment fallu plus de 10 ans pour faire la lumière sur l’éclosion de l’épidémie du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003! Quant à l’animal réservoir du virus Ebola, il n’a jamais été trouvé malgré des recherches extensives. Mais il est important de comprendre l’émergence de la COVID-19 pour mieux prévenir et contrôler les prochaines pandémies.
Quatre scénarios principaux sont envisagés :
- Le virus SRAS-CoV-2 est passé directement d’un animal à l’humain;
- Le virus initial a infecté l’humain indirectement, par l’entremise d’un réservoir animal intermédiaire;
- Le virus a été introduit en Chine par des aliments congelés (thèse privilégiée par la Chine);
- Le virus a émergé à la suite de manipulations de recherche et/ou une fuite du laboratoire.
Comment a démarré la pandémie?
C’est une question cruciale à laquelle on ne sait pas encore répondre. Dès le début, en décembre 2019, les experts ont privilégié l’hypothèse du saut d’espèce, c’est-à-dire celle d’un virus présent chez un animal qui devient soudainement capable d’infecter les humains. C’est comme ça qu’a commencé l’épidémie de SRAS par exemple, ainsi que de nombreuses épidémies grippales.
L’attention s’est vite tournée vers un marché de Wuhan, fourni en animaux exotiques qui auraient pu permettre la « transition » du virus. Le pangolin a d’abord été considéré comme un hôte intermédiaire potentiel, car un coronavirus génétiquement proche du SRAS-CoV-2 a été isolé chez l’espèce. Finalement, les coronavirus décelés chez les animaux du marché étaient trop éloignés génétiquement du SRAS-CoV-2 pour que cette thèse soit validée. Aucun hôte animal convaincant n’a donc été trouvé pour l’instant. Mais selon une nouvelle étude publiée dans Scientific Reports, plus de 47 000 animaux sauvages (38 espèces) ont transité par le marché de Wuhan au cours des 2 années et demi précédant le premier cas de COVID. Autant de vecteurs potentiels.
Comme tout virus émergent, il est probable que le SRAS-CoV-2 ait d’abord causé quelques cas épars, sans transmission subséquente. Un peu comme un pétard mouillé qui s’éteint seul. Selon un article publié dans Science, c’est probablement entre la mi-octobre et la mi-novembre 2019 que les premières transmissions interhumaines ont eu lieu. À un moment, une personne infectée a transmis le virus à plusieurs autres (événement de superpropagation, peut-être au marché de Wuhan), et c’est en décembre que le nombre de cas a commencé à être suffisamment important pour attirer l’attention.
Quelle est la piste du Yunnan?
Une piste semble privilégiée : l’ancêtre du SRAS-CoV-2 pourrait être un coronavirus de chauve-souris. Après l’éclosion des premiers cas, une scientifique de l’Institut de virologie de Wuhan, Shi Zhengli, a repéré plusieurs virus de chauve-souris étroitement apparentés au SRAS-CoV-2 qui avaient été collectés au cours des 15 années précédentes. Le plus proche, nommé CoV RaTG13, identique à environ 96 % au nouveau venu, a été isolé en 2013 dans du guano de rhinolophe fer à cheval (Rhinolophus affinis), dans la province du Yunnan.
De façon surprenante, six mineurs travaillant dans la région (à la mine de Mojiang) avaient contracté une pneumonie en 2012 – trois en sont morts. Une thèse de médecine avait été consacrée à leur cas et a refait surface dans les médias. En novembre 2020, une équipe chinoise confirme cette histoire dans Nature, expliquant que c’est ce qui a déclenché les échantillonnages dans la grotte en 2013.
D’où viennent les doutes des chercheurs et de l’OMS?
Au début de la pandémie, l’hypothèse de la fuite accidentelle est rapidement écartée. En février 2020, un groupe d’une trentaine de scientifiques publie dans The Lancet une lettre « condamnant fermement les théories du complot suggérant que la COVID-19 n’a pas une origine naturelle ». De quoi fermer la porte au débat.
En juin 2021, des journalistes d’ABC News rapportent cependant que plusieurs des signataires de la lettre sont revenus sur leur position et estiment qu’une origine accidentelle est en réalité possible. Par ailleurs, un article publié en juin dans Vanity Fair révèle que l’initiateur de la lettre, Peter Daszak, avait des liens scientifiques et financiers, non divulgués publiquement, avec l’Institut de virologie de Wuhan.
Du côté de l’OMS, on n’écarte pas totalement la thèse de l’accident non plus. Une équipe internationale a été envoyée en Chine par l’organisation du 14 janvier au 10 février 2021, sur les traces du virus, en collaboration avec des scientifiques chinois. L’équipe a rendu son rapport fin mars 2021.
La conclusion : la transmission directe du virus par l’entremise d’un animal réservoir est jugée « possible à probable » par les auteurs du rapport, alors que l’accident de laboratoire est estimé « extrêmement improbable ». Seules 4 pages sur 330 sont consacrées à cette piste.
Le directeur de l’OMS, Tedros Adhanom Ghebreyesus, a toutefois réclamé dans la foulée une nouvelle enquête avec des experts spécialisés sur l’hypothèse d’une fuite accidentelle du virus, relevant le fait que les experts envoyés en Chine ont peiné à avoir accès aux données brutes.
« En tant que scientifiques disposant d’une expertise pertinente, nous convenons avec le directeur général de l’OMS, les États-Unis et 13 autres pays, et l’Union européenne qu’il est nécessaire et possible de faire plus de clarté sur les origines de cette pandémie. Nous devons prendre au sérieux les hypothèses relatives aux origines naturelle et de laboratoire jusqu’à ce que nous disposions de données suffisantes », ont déclaré 18 scientifiques de haut niveau dans une lettre publiée dans Science en mai dernier.
Mise à jour 28 juin 2021: L’un des signataires de cette lettre, le biologiste spécialiste de l’évolution des virus Jesse Bloom, a mis la main sur des séquences génétiques du SRAS-CoV-2 ayant été partagées par des chercheurs chinois en mars 2020 puis effacées d’une base de données internationale. Dans un article prépublié sur la plateforme BioRxiv, le chercheur américain explique avoir récupéré 13 séquences sauvegardées dans Google Cloud (sur 241 disparues). Elles correspondent à des infections survenue très tôt, avant les cas détectés au marché de Wuhan, et donc à des souches du virus plus proches du virus initial de chauve-souris. Les souches virales précoces sont cruciales pour comprendre la chronologie des mutations du virus. Leur mystérieux retrait des bases de données est donc très gênant.
Qu’ont révélé les services de renseignements américains ?
En janvier 2021, le Département d’État américain publie un mémo, selon lequel plusieurs chercheurs de l’Institut de virologie de Wuhan seraient tombés malades en novembre 2019 et auraient été hospitalisés avec des symptômes proches de ceux de la COVID-19 ou d’une maladie saisonnière. Peu de détails sont disponibles, notamment sur le type de recherches effectuées par ces scientifiques. La Chine dément l’affaire.
Quels sont les scénarios d’accident?
L’idée qu’un virus délibérément créé par des scientifiques chinois, plébiscitée par l’ancien président des États-Unis Donald Trump et qui a circulé début 2020 dans des cercles complotistes, a contribué à jeter le discrédit sur l’hypothèse de l’accident de laboratoire.
La journaliste Katherine Eban, qui a enquêté pendant des mois sur le sujet et publié un long article d’investigation début juin dans Vanity Fair, rappelle que la thèse de l’accident couvre en fait tout un spectre de possibilités. Il pourrait s’agir d’un simple prélèvement de virus chez une chauve-souris, sur le terrain, qui a conduit l’un des chercheurs à s’infecter. Il aurait ensuite ramené le virus à Wuhan sans le savoir. Il pourrait également s’agir d’une faille de sécurité ayant amené l’un des échantillons conservés (il y en a environ 22 000) au laboratoire à être « relâché » accidentellement vers l’extérieur d’une façon ou d’une autre.
Enfin, et c’est la piste considérée la moins probable, le virus aurait pu être « créé » dans le laboratoire à la suite de modifications génétiques d’un virus naturel de chauve-souris. On sait que les scientifiques de l’Institut travaillaient sur des expériences de « gain de fonction » (comme de nombreux virologues ailleurs sur la planète), qui visent justement à augmenter la transmissibilité de certains virus pour mieux comprendre les mécanismes d’infection.
SRAS-CoV-2 présente-t-il des caractéristiques étranges ?
Au printemps 2020, beaucoup d’experts avancent que si le virus avait été créé en laboratoire, il y aurait des traces de manipulations génétiques dans son génome. Or selon d’autres chercheurs, la structure du génome du SRAS-CoV-2 ne permet d’exclure aucune hypothèse.
En outre, certaines caractéristiques du SRAS-CoV-2 intriguent les scientifiques. Notons encore une fois que ces traits peuvent aussi s’expliquer par une évolution naturelle du virus.
- D’abord, ce virus a une très forte capacité à se fixer sur les cellules humaines. Dès son émergence, en décembre 2019, il est fortement contagieux et très adapté aux récepteurs ACE2 qui lui permettent d’entrer dans nos cellules. En général, cette adaptation à l’humain se fait par étapes et prend du temps (lesdites étapes ont toutefois pu se faire discrètement). Certains chercheurs constatent que le virus ressemble à son cousin responsable du SRAS, tel qu’il était à la fin 2003 après de nombreux mois d’évolution.
- Ensuite, la protéine S du SRAS-CoV-2, qui lui permet de se fixer aux cellules humaines, possède une sorte de « loge » bien adaptée à une enzyme humaine, appelée furine. Cette enzyme se fixe sur la protéine S et la coupe en deux, la rendant active et capable de fusionner avec la membrane cellulaire. Cette étape est essentielle pour permettre au virus d’entrer dans les cellules. Cependant, aucun coronavirus avec une protéine S identique génétiquement à plus de 40% à celle du SRAS-CoV-2 ne possède ce site de clivage de la furine. L’insertion « manuelle » de ce site, par des manipulations génétiques, n’est pas à exclure même si aucune preuve ne soutient pour l’instant cette thèse.
Selon de nombreux chercheurs, comme le rapporte The Guardian, la nature n’a pas besoin d’aide humaine pour « fabriquer » des virus avec un tel potentiel pandémique. Naturellement, au sein d’un hôte comme la chauve-souris, les coronavirus peuvent s’échanger des morceaux de génome et se transformer rapidement, comme le font les virus de la grippe. À ce jour, l’énigme reste entière et l’histoire exacte de ce coronavirus ne pourra peut-être jamais être tout à fait retracée.