Tubes pour réaction de PCR. Source: Pixabay
Cet article n’est pas récent et les connaissances scientifiques sur la COVID-19 évoluent continuellement. Nous vous invitons à consulter nos derniers articles.
L’arrivée de tests de dépistage rapide de la COVID-19 devrait faciliter la lutte contre la pandémie.
«Testez, testez, testez» est le mot d’ordre que l’Organisation mondiale de santé (OMS) martèle depuis des semaines à ses pays membres. Le problème, c’est que peu de pays ont réussi à dépister leur population efficacement et dans des délais raisonnables.
Pénurie de personnel, d’équipement, de réactifs, d’extracteurs à ARN… Presque toutes les étapes du diagnostic ont été affectées un peu partout, ce qui a considérablement retardé les diagnostics.
Au Québec, le 18 mars, quand on réussissait à obtenir un rendez-vous pour être dépisté, il fallait encore attendre jusqu’à une semaine pour avoir les résultats d’un test.
À l’inverse, Singapour, Taïwan et Hong Kong, qui ont jugulé rapidement l’épidémie, ont pu déployer des tests à grande échelle.
«Il faut absolument avoir des tests rapides, affirme Benoît Mâsse, professeur à l’École de santé publique de l’Université de Montréal. On pourrait les avoir d’ici 2 ou 3 mois, la FDA en a approuvé un qui prend 45 minutes [commercialisé par l’entreprise Cepheid].»
En effet, plusieurs pays dont les États-Unis et le Royaume-Uni commencent à homologuer des tests de diagnostic rapide de la COVID-19, permettant d’avoir la réponse en moins d’une heure.
Pour l’instant, les tests reposent sur des prélèvements dans les cavités nasales, puis sur l’amplification du matériel génétique du virus par PCR (voir encadré plus bas). En gros, on va à la «pêche» de certains gènes du virus (trois en général) et on tente de les amplifier par des techniques traditionnelles de «photocopie» de gènes, qui prennent de 4 à 6 heures. Si les gènes sont amplifiés en bout de ligne, c’est que le virus était présent; et donc que l’échantillon est positif à la COVID-19.
Les tests rapides approuvés par la FDA, par exemple celui de Cepheid ou de GenMark, reposent sur le même principe, mais font appel à des machines plus simples d’utilisation qui peuvent être installées dans tous les hôpitaux. Il n’y a donc plus besoin d’acheminer les échantillons dans des laboratoires spécialisés. Tous les réactifs nécessaires sont placés dans une cartouche prête à l’emploi et les résultats sont obtenus en moins d’une heure. Le prélèvement peut aussi se faire plus simplement, à l’aide de solution saline injectée dans le nez du patient.
D’autres techniques, en phase de validation, reposent notamment sur l’outil moléculaire CRISPR. Après avoir extrait l’ARN viral (à partir d’un échantillon prélevé sur un patient), on amplifie l’ARN et on le coupe à un endroit précis avec CRISPR. Si la cible est présente, cela déclenche le changement de couleur de certains réactifs et permet d’avoir une réponse diagnostique en 30 minutes, selon les chercheurs à l’origine du test expérimental.
Détecter les malades guéris
Pour mieux comprendre l’épidémiologie de ce virus, il sera aussi important, dans les mois qui viennent, d’estimer le nombre réel de personnes ayant contracté la maladie. Beaucoup d’entre elles (les estimations varient énormément) sont probablement passées «sous le radar», car elles n’ont pas eu de symptômes ou ont eu un simple rhume.
Pour ce faire, des tests sanguins permettent de rechercher les anticorps produits suite à l’infection : ils témoignent de l’exposition passée au virus et peuvent servir de test diagnostic a posteriori ou 5 à 7 jours après les premiers symptômes.
Le Royaume-Uni a commandé des millions de ces tests (qui peuvent être effectués en se piquant le bout du doigt en autodépistage, à la manière des tests rapides de détection du VIH) pour mieux comprendre la propagation du virus.
Plusieurs compagnies de biotechnologie ont déjà lancé des kits, dont une entreprise albertaine, détectant des anticorps variés. La sensibilité de ces tests est toutefois inférieure à celle de la PCR, et il faut encore des recherches pour sélectionner les anticorps les plus fiables.
Comment fonctionne la PCR ?
La PCR est une technique d’amplification de matériel génétique. Elle permet de rechercher, à partir de quantités parfois infimes d’ADN, la présence de gènes particuliers. C’est donc la méthode de choix pour déceler la présence d’un pathogène dont on connait la séquence génétique.
Dans le cas du SRAS-CoV-2, il faut d’abord transformer l’ARN du virus en ADN, grâce à une enzyme appelée la transcriptase reverse. Pour amplifier l’ADN, on mélange plusieurs réactifs :
- Des « amorces » (ou primers) qui sont en fait une copie des extrémités du gène recherché.
- Une enzyme appelée la polymérase, dont le rôle est de copier l’ADN en ajoutant des nucléotides (les lettres du code génétique) entre les deux amorces déjà présentes.
- Des nucléotides comme matière première.
La PCR fonctionne par cycles répétés un grand nombre de fois: une dénaturation de l’ADN par chauffage pour séparer les deux brins, une hybridation des amorces aux extrémités de la séquence recherchée, puis une élongation.
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