Le variant Delta en 7 questions

Partout où il émerge, le variant Delta devient rapidement dominant. Portrait de la situation.

Le variant Delta se propage rapidement à travers le monde; il a été détecté dans plus de 90 pays. Il devient le variant responsable de la majorité des infections de COVID-19 dans plusieurs pays comme l’Inde (où il a émergé en octobre 2020), l’Indonésie, les États-Unis, la Malaisie, l’Australie et le Royaume-Uni, où il provoque une nouvelle vague d’infections.

Dans ce dernier pays, il est désormais en cause dans 90% des nouveaux cas de COVID-19. Selon les premières estimations, il serait 60% plus transmissible que le variant Alpha, qui domine encore au Québec, et environ deux fois plus transmissible que la souche initiale de Wuhan. « On sait que là où il est repéré, ce variant prend rapidement le dessus », a expliqué Maria Van Kerkhove, responsable technique pour la COVID-19 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS), lors d’une communication sur ce variant.

Quelle est la situation du variant Delta au Québec?

D’après l’Institut national de santé publique du Québec, le variant aurait été repéré pour la première fois chez des voyageurs en avril 2021.

« Les cas du variant Delta ont été identifiés en grande majorité dans trois régions : Montréal, Montérégie et Mauricie et Centre-du-Québec », indique Michel Roger, directeur du laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ).

En date du 8 juillet, on comptait 163 cas du variant Delta. Le Delta semble être moins abondant dans la province que les autres variants. Par exemple, le variant Alpha, détecté originellement au Royaume-Uni, continue à être dominant au Québec, correspondant à 73% des échantillons positifs.

Pour le moment, il n’y a pas eu d’explosions de cas du Delta comme c’est le cas ailleurs dans le monde. Cependant, selon le directeur du LSPQ, la situation de ce variant est préoccupante, car il est fort probable qu’il devienne prédominant d’ici quelques semaines.

« Il faut viser une immunité collective plus grande avec la vaccination pour empêcher que le variant Delta, qui est plus transmissible, ne prenne le dessus et provoque une quatrième vague », rappelle Michel Roger.

Que se passe-t-il à l’échelle du Canada?

Le portrait national semble moins encourageant. On constate une hausse marquée du Delta. « Ce variant représentait environ 10% des cas positifs en mai », indique Guillaume Poliquin, vice-président par intérim du Laboratoire national de microbiologie, à Winnipeg. « Un mois plus tard, cela avait augmenté à 20%. Et à la fin juin, dans certaines régions du Canada, on observait une proportion d’à peu près 30%. C’est une augmentation continue de la proportion de ce variant ».

Le variant Delta, plus contagieux, toucherait en grande partie les personnes qui ne sont pas encore vaccinées. « On observe surtout une augmentation des cas de variants dans les populations où les taux de vaccination sont plus bas que la moyenne, ce qui facilite la transmission du Delta dans ces communautés », mentionne Guillaume Poliquin.

Est-il plus sévère?

D’après une étude publiée dans The Lancet, menée en Écosse entre le 1^er avril et le 6 juin 2021, le risque d’hospitalisation semble deux fois plus élevé chez les personnes infectées par le variant Delta par rapport à celles ayant contracté le variant Alpha (anciennement dit « britannique »).

Ces données restent toutefois à confirmer. Il en va de même pour la mortalité : on manque encore de recul compte tenu du délai entre les infections et les éventuels décès.

Le « briefing technique » de la Santé publique britannique daté du 25 juin montre plutôt un taux de mortalité plus faible : 0,3% pour le Delta, contre 1,9% pour le Alpha (mais les populations ne sont pas comparables, les personnes infectées par l’Alpha plus tôt dans l’année étant potentiellement plus âgées et peu vaccinées).

Du côté des symptômes, il semble que ce variant soit davantage associé à des maux de tête, de gorge et à un écoulement nasal, selon des données britanniques récoltées lors de l’étude COVID symptoms. La fièvre, la toux et la perte de goût et d’odorat seraient moins fréquentes qu’avec les variants classiques.

Que sait-on sur le variant Delta?

Le variant Delta, aussi appelé B.1.617.2, est caractérisé par une vingtaine de mutations par rapport à la souche initiale de Wuhan, dont plusieurs mutations affectant la protéine S. Pour rappel, c’est cette protéine qui permet au virus de s’ancrer à nos cellules et d’y entrer. Des mutations dans cette protéine peuvent améliorer la transmissibilité et la capacité du virus à infecter son hôte.

Trois mutations en particulier semblent conférer ses « atouts » au variant Delta :

• la mutation nommée L452R, qui est associée à un plus fort taux d’infection des cellules en laboratoire. Des études préliminaires indiquent que cette mutation permet au virus de se fixer plus efficacement au récepteur ACE2.
• la mutation T478K, qui faciliterait elle aussi l’entrée dans les cellules.
• la mutation P681R, qui affecte le site de clivage de la furine (on en parlait ici), qui est une étape cruciale permettant l’entrée du virus dans les cellules.

Selon des modèles mathématiques, le variant Delta bénéficierait à la fois d’une meilleure transmissibilité et d’une capacité à échapper, dans une certaine mesure, à la réponse immunitaire. In vitro, le variant Delta est moins bien neutralisé par les anticorps prélevés dans le sang de patients guéris de la COVID-19 (mais infectés avec d’autres souches) ou vaccinés. C’est ce que montre une étude parue dans Cell en juin, qui suggère que les personnes ayant déjà eu la COVID-19 sont plus susceptibles d’être réinfectées avec le variant Delta qu’avec les autres variants circulants.

Une autre étude, réalisée en France par l’Institut Pasteur et publiée dans Nature, arrive à des conclusions similaires. Les chercheurs ont examiné en laboratoire l’efficacité d’anticorps monoclonaux, utilisés comme traitement préventif des formes graves de la COVID-19, contre le variant Delta. Trois traitements conservaient leur efficacité mais pas le bamlavinimab, développé par la pharmaceutique Eli Lilly.

L’équipe a aussi placé ce variant en présence d’anticorps extraits du sang de personnes vaccinées ou de patients guéris de la COVID-19. Dans des plats de culture, les anticorps des personnes ayant reçu une seule dose (Pfizer ou AstraZeneca) étaient quasiment inactifs contre le variant Delta. En revanche, après deux doses, les anticorps étaient capables de neutraliser le virus, même si des concentrations quatre fois plus élevées d’anticorps étaient nécessaires par rapport à la souche Alpha.

Une étude en prépublication effectuée auprès de 100 travailleurs de la santé en Inde va dans le même sens. In vitro, « le variant Delta est 8 fois moins sensible aux anticorps générés par la vaccination, par rapport à la souche de Wuhan qui circulait à la mi-2020 », notent les auteurs. « Autrement dit, cela signifie que l’on est 8 fois moins protégé et que l’on a besoin de 8 fois plus d’anticorps pour avoir le même effet immunitaire. C’est assez substantiel », détaille l’auteur principal, Ravindra Gupta, professeur de microbiologie clinique à l’Université de Cambridge.

Il est toutefois difficile de savoir comment cette mesure in vitro se traduit en termes cliniques, car les anticorps ne sont pas les seuls acteurs de la réponse immunitaire.

Les vaccins sont-ils efficaces contre le Delta?

Les travaux décrits plus haut ont été réalisés en laboratoire. Qu’en est-il dans notre corps?

Une chose est claire: les vaccins sont légèrement moins efficaces pour protéger contre le variant Delta que contre la souche initiale, de même que le variant Alpha. Mais ils ne sont pas nuls pour autant. Au contraire, les premières données sont plutôt rassurantes.

« Les vaccins approuvés au Canada et aux États-Unis, notamment ceux de Pfizer et de Moderna, offrent une protection croisée significative de plus de 80% contre le variant Delta. Autrement dit, les personnes pleinement vaccinées sont très peu susceptibles d’être infectées par le nouveau variant, et ont des risques très faibles de développer une forme sévère si elles l’attrapent », résume Abba Gumel, professeur de mathématiques à l’Université d’État d’Arizona et auteur de plusieurs études de modélisation de l’épidémie, dont une récente sur l’immunité de groupe.

Il est encore trop tôt pour avoir un tableau clair de l’efficacité de chaque vaccin contre cette nouvelle souche, mais une récente étude de la Santé publique du Royaume-Uni, le pays ayant le plus de recul sur ce variant, a en effet montré que :

• Le vaccin Pfizer-BioNTech était efficace à 88% contre la maladie symptomatique causée par le variant Delta, deux semaines après la seconde dose, contre 93% contre le variant Alpha. En Israël, les premières données semblent indiquer une protection plus faible, de 64%, contre les infections et les formes non graves.
• Le vaccin AstraZeneca (deux doses) offre une efficacité de 60% contre le Delta, contre 66% face à l’Alpha.
• Après une seule dose, la protection n’est que de 33% avec ces deux vaccins (contre 50% contre le variant Alpha). Il est donc crucial d’être pleinement vacciné pour être protégé au mieux.

Quant au vaccin Moderna, son efficacité très comparable à celle de Pfizer dans l’ensemble des études laisse penser qu’il offrira lui aussi une protection contre la maladie symptomatique d’environ 85-90%. Des études in vitro préliminaires effectuées par Moderna semble confirmer cette hypothèse.

Le vaccin de Johnson&Johnson semble également protecteur, selon un communiqué de l’entreprise pharmaceutique, bien que les données soient encore très limitées (seulement huit patients pris en considération dans l’étude préliminaire).

Attention, l’efficacité pour prévenir l’hospitalisation, et a fortiori les décès, est toutefois plus élevée (autour de 90-95% dans tous les cas).

Le rebond des cas en Israël, causé par la propagation du variant Delta, semble effectivement indiquer que les personnes vaccinées peuvent tout de même contracter la COVID-19, mais leurs symptômes sont plus légers que chez les personnes non vaccinées. Et c’est bien le but premier de la vaccination : éviter les décès et les hospitalisations.

C’est ce qu’a rappelé la scientifique en chef de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS), Soumya Swaminathan, dans une communication sur le variant Delta. « La bonne nouvelle, c’est que les vaccins protègent efficacement contre les formes sévères de la maladie, a-t-elle expliqué. Tous les vaccins sont très bons pour prévenir les hospitalisations et les cas graves, avec plus de 90% d’efficacité. Vous pouvez avoir l’infection, mais vos risques d’être très malade sont très faibles. »

Pourquoi déplore-t-on quand même des décès chez des personnes vaccinées?

Sur la Toile, plusieurs articles et internautes s’alarment du fait que des personnes doublement vaccinées comptent parmi les victimes du variant Delta, notamment au Royaume-Uni. En effet, presque la moitié des personnes décédées à cause de ce variant (40 sur 117 en juin) avaient été vaccinées, selon les données de la Santé publique britannique.

Cela ne signifie en aucun cas que les vaccins sont inefficaces, et ce n’est pas non plus surprenant, selon les experts.

Leur explication est simple. D’abord, les vaccins n’offrent pas une protection totale, mais on peut considérer qu’ils protègent à 95% contre les décès dus à la COVID-19. Cela signifie que le risque de mortalité est divisé par 20 par rapport au risque général (1% contre 0,05%, pour prendre un exemple à titre indicatif). Or ce risque varie énormément selon l’âge et les comorbidités. Par exemple, par rapport au groupe des 18-29 ans, les personnes de 75 à 84 ans ont 230 fois plus de risques de succomber à la maladie; celles de plus de 85 ans, 610 fois!

Donc même si les personnes âgées doublement vaccinées voient leur risque de décès divisé par 20, celui-ci reste non négligeable. En revanche, pour les personnes jeunes et doublement vaccinées, le risque tombe très bas. Au Royaume-Uni, toutes les victimes du Delta recensées jusqu’ici étaient âgées de plus de 50 ans.

Enfin, dans les pays où une forte part de la population est vaccinée, il est logique, statistiquement, qu’une bonne proportion des cas positifs soient des gens vaccinés. Il reste que les personnes les plus susceptibles d’être malades et de transmettre le variant Delta sont les jeunes non vaccinés, rappellent les autorités britanniques.

Le Québec est-il préparé pour y faire face?

D’après Michel Roger, directeur du LSPQ, la province est en mesure de surveiller adéquatement le virus Delta ou d’autres variants émergeants au Québec. « Nous avons mis en place un programme de surveillance pour trouver les variants qui pourraient apparaître », énonce-t-il.

Lorsqu’un échantillon se révèle positif au SRAS-CoV-2, celui-ci est ensuite acheminé vers un hôpital désigné pour effectuer le criblage, une technique visant à identifier le type de variant. Ce test, qui est très spécifique, détermine s’il s’agit du variant Alpha, Bêta ou Gamma. « Si on obtient un résultat négatif à ces trois variants, on effectue alors un deuxième criblage pour le variant Delta », explique Michel Roger. La confirmation viendra avec le séquençage complet. On procède selon ce protocole de détection, car le Delta n’est pas encore prédominant dans les échantillons. Si la situation devait changer, on pourrait intervertir les étapes pour identifier d’abord si le variant est un Delta.

La meilleure façon d’identifier un variant est de faire un séquençage complet grâce auquel on recueille toute l’information génétique. « Quand les variants préoccupants ont émergé en décembre 2020, notre capacité à faire des séquençages était de 5% », souligne Guillaume Poliquin. Pour pallier ce déficit d’identification des variants, certaines provinces comme l’Alberta et le Québec ont développé des tests de criblage spécifique pour les variants. Ils détectent une ou plusieurs mutations en particulier, déjà connues et caractéristiques de certains variants. « Les tests de criblage sont très pratiques pour le dépistage rapide, mais ils sont  » aveugles  » à l’arrivée de nouveaux variants. L’utilité des tests de criblage est moindre, parce qu’on a désormais les capacités de séquencer tous les échantillons. Aujourd’hui, la détection du Delta au Canada est surtout réalisée par séquençage », souligne M. Poliquin.