Tricheur, profiteur, furtif : le virus à l’origine de la pandémie de COVID-19 mérite fort bien son titre d’ennemi public numéro un.
« Est-ce que ça va me coûter cher ?» Quelques heures après son arrivée au prestigieux hôtel Le Concorde, Pauline Verret avait une seule préoccupation, émouvante de candeur : la facture qu’elle craignait à tort qu’on lui envoie. Elle avait beau avoir reçu la veille un résultat positif au test de dépistage de la COVID-19, la nonagénaire au tempérament enjoué ne comprenait pas encore tout à fait pourquoi elle avait déménagé à cet étage de l’établissement du centre-ville de Québec transformé en centre de convalescence.
Du 15e étage, elle profitait d’une vue imprenable sur « l’accent d’Amérique ». Un décor absurde pour mener une rude bataille contre le SRAS-CoV-2, qui, à ce moment-là, à la fin de novembre 2020, avait déjà fauché la vie de près de 1,5 million de personnes dans le monde. Aidée d’une armée de combattants en scaphandre, Mme Verret allait devoir ici faire mentir les statistiques et renverser un pronostic qui lui était défavorable ; près des trois quarts des décès causés par la COVID-19 surviennent chez des patients de plus de 80 ans, selon des données de l’Institut national de santé publique du Québec. « Elle est sereine pour l’instant », confiait l’une de ses deux filles, plus consciente que jamais que les prochains jours seraient décisifs.
Il y a un an à peine, rien ne laissait pourtant présager qu’un agent pathogène microscopique, d’un diamètre d’à peine 120 nanomètres, causerait de telles affres. Il a d’abord fait parler de lui à la fin 2019, le 31 décembre. Le bureau de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) en Chine était alors informé de 41 cas de pneumonie de cause inconnue détectés dans la ville de Wuhan, dans la province de Hubei. Ce n’est qu’un mois et demi plus tard, en février, qu’il serait baptisé SRAS-CoV-2, en référence au coronavirus ayant causé l’épidémie mondiale de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003.
C’est également en février 2020 que le professeur Sai Li a pu jauger notre ennemi collectif. Ce spécialiste en biologie structurelle de l’Université Tsinghua de Pékin est la première personne à avoir vu le virus en très haute résolution − de l’ordre d’environ 1,3 nanomètre. « On dit qu’il faut le voir pour le croire. À tous ces gens qui doutent toujours de l’existence du virus, je réponds qu’il est bien réel et d’apparence effrayante », écrit-il par courriel à Québec Science.
À l’intérieur de la membrane du SRAS-CoV-2 est empaqueté l’un des plus grands génomes parmi les virus à acide ribonucléique (ARN). Déroulé, il serait environ 100 fois plus long que le diamètre du virus, estime Sai Li. « Parvenir à voir le virus intact était tout un défi. Ses protéines S [les spicules à la surface du virion qui forment sa « couronne »] sont tout particulièrement altérables ; les manipulations chimiques pour rendre le virus inoffensif, son refroidissement instantané à l’azote liquide et sa conservation, peuvent les endommager sans problème. C’est d’ailleurs ce qui rend les vaccins contre la COVID-19, mis au point pour agir par l’entremise de ces pics de protéine, si fragiles.»
C’est grâce à cette protéine S que le SRAS-CoV-2 prend possession d’une cellule hôte pour ensuite en faire l’instrument de ses sombres desseins. Elle constitue en quelque sorte une clé moléculaire pour ouvrir une serrure présente dans la membrane de l’ensemble des cellules de notre corps, du foie jusqu’au cerveau en passant par le cœur, mais surtout dans le nez et la gorge : le récepteur ACE2, pour « enzyme de conversion de l’angiotensine II ». C’est assurément cette voie métabolique importante − ACE2 est au centre de la régulation de la pression artérielle dans l’organisme, entre autres fonctions − qu’il a empruntée pour infecter l’organisme de Pauline Verret.
Une fois amarré, le virus peut pénétrer dans la cellule et commencer à s’y répliquer. S’il en a l’occasion, il infecte les poumons et le reste de l’organisme, ouvrant la voie à une maladie systémique plus que pulmonaire. Si ce mécanisme est sensiblement le même pour tous les coronavirus, le SRAS-CoV-2 le maîtrise à la perfection. « Son affinité avec le récepteur ACE2 serait de 10 à 20 fois plus élevée que dans le cas du SRAS [en 2003]. Autrement dit, nous avons affaire à un virus qui est vraiment futé », dit Benoît Barbeau, virologiste et professeur de sciences biologiques à l’Université du Québec à Montréal.
Origines incertaines
Le microbandit circulait depuis plusieurs semaines avant d’être signalé − et avant qu’on lui tire le portrait. Une étude parue dans la revue scientifique The Lancet en janvier 2020 rapporte que le tout premier patient de la cohorte des 41 cas déclarés positifs montrait des symptômes de la maladie dès le début décembre. Des données (non publiées) du gouvernement chinois font même état d’une première personne infectée à la mi-novembre.
Pour ajouter à la confusion, des tests sérologiques réalisés en Italie en période prépandémique indiquent que certaines personnes étaient porteuses d’anticorps spécifiques du nouveau coronavirus dès octobre 2019. Cela laisse supposer sa circulation silencieuse en dehors de la Chine bien plus tôt que ce qui a été relaté. Une séquence des évènements peu vraisemblable, croit cependant Gary Kobinger, microbiologiste et directeur du Centre de recherche en infectiologie de l’Université Laval. « Ce ne sont pas des données que je qualifierais de convaincantes. Lors d’analyses de tests sérologiques, il peut y avoir des réactions croisées qui faussent les résultats, avec des coronavirus saisonniers responsables du rhume par exemple. »
Chose certaine, remonter à la source du virus ne sera pas facile. Au moment d’écrire ces lignes, une équipe d’experts indépendants dépêchée par l’OMS venait d’arriver en Chine afin de mener son enquête. Ces détectives auront de cinq à six semaines pour tenter de comprendre l’origine du virus, si bien sûr ils ne se font pas mettre des bâtons dans les roues par Pékin, soucieuse de sauver la face sur la scène internationale. De plus, les évènements ayant mené aux premières contaminations commencent à dater. À moins de disposer d’une machine à voyager dans le temps, retrouver la première personne atteinte de la COVID-19 semble donc de plus en plus illusoire. En 2009, lors de la pandémie de grippe A (H1N1), les autorités avaient pourtant réussi à repérer ce mythique patient zéro. Edgar Hernandez, un jeune Mexicain alors âgé de cinq ans (et qui a guéri), a depuis une statue à son effigie dans la région de Veracruz…
Pour l’instant, l’hypothèse la plus probable veut que le SRAS-CoV-2 provienne de chauves-souris de la région de Wuhan, ce qui en ferait une zoonose, c’est-à-dire une infection d’origine animale. Ces petits mammifères sont réputés pour être d’importants réservoirs d’agents infectieux dévastateurs pour les humains, dont ceux causant l’encéphalite de Nipah, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient et possiblement la fièvre d’Ebola. Mais plusieurs virus ont besoin d’une tierce partie pour infecter les cellules humaines ; d’une espèce animale à l’autre, des différences en ce qui a trait aux récepteurs et aux protéines en cause dans le cycle d’infection expliquent la spécificité d’hôte qui sera plus ou moins étroite. Dans le cas du SRAS, celui de l’épidémie de 2003, des civettes palmées et des chiens viverrins d’un marché d’animaux vivants de la province chinoise du Guangdong avaient été désignés comme hôtes intermédiaires. À l’échelle de la planète, plus de 8 000 personnes ont été infectées par l’ancêtre de notre ennemi actuel, et près de 800 sont mortes, dont des Canadiens.
Cette fois-ci, on suspecte le pangolin, encore une fois dans un marché d’animaux vivants, d’avoir fait office de tremplin pour le nouveau coronavirus. C’est du moins ce qu’a laissé entendre une étude publiée dans Nature en mai dernier, n’ayant pu le prouver hors de tout doute. « Pour les coronavirus, la présence d’une espèce animale intermédiaire est un scénario assez commun, mais pas obligatoire, confirme le Dr Raymond Tellier, médecin et microbiologiste au Centre universitaire de santé McGill. Le SRAS-CoV-2 pourrait très bien avoir fait directement le saut de la chauve-souris à l’humain. »
Après tout, les virus sont des tricheurs et ne respectent pas nécessairement les soi-disant lois de la virologie. « De plus en plus de données portent à croire, par exemple, que le virus responsable de la grippe espagnole de 1918 s’est transmis directement d’un animal qu’on n’a pas encore identifié à l’humain », souligne l’expert.
Dans tous les cas, la situation est préoccupante : environ 60 % des maladies infectieuses touchant l’humanité sont des zoonoses, lit-on dans un rapport du Programme des Nations unies pour l’environnement paru en juillet 2020. L’étude cible la consommation croissante de protéines animales et les changements climatiques parmi les principales causes du phénomène. « Le problème de fond, c’est la pression humaine sur les habitats sauvages. Tant qu’on ne s’y attaquera pas, on se contentera toujours de réparer les pots cassés », tranche Gary Kobinger.
« Le problème de fond, c’est la pression humaine sur les habitats sauvages. Tant qu’on ne s’y attaquera pas, on se contentera toujours de réparer les pots cassés. »
Gary Kobinger, microbiologiste
Course folle
Si la vitesse à laquelle notre vagabond s’est disséminé aux quatre coins du globe paraît surprenante, c’est qu’elle l’est. Dès le début de sa course folle, le coronavirus a su profiter de nos sociétés mondialisées, où le transport aérien favorise les déplacements humains entre les continents, pour s’infiltrer jusque dans les endroits les plus improbables – comme l’Antarctique − et prendre en otage des cellules humaines à son avantage. Parmi ceux-ci : des foyers pour personnes âgées tel celui où il a rencontré Pauline Verret. Pas mal pour un agent infectieux qui n’est pas, au sens strict du terme, vivant (voir l’encadré p. 26).
Mme Verret, elle, est encore bien vivante quelques jours après son arrivée dans la chambre 1503 de l’hôtel Le Concorde. Elle a une légère fièvre, se sent fatiguée, a perdu le goût, mais reste somme toute peu affectée. Ses filles lui tiennent compagnie par téléphone et espèrent que leur mère est bien en train de mettre le virus K.-O.
Au début de la pandémie, ce dernier a vraisemblablement subi des mutations qui l’ont rendu plus transmissible que sa forme initiale. « Les virus ont comme seul but d’infecter des organismes hôtes pour s’y multiplier en réalisant des copies d’eux-mêmes, vulgarise Benoît Barbeau. Ce processus n’est toutefois pas sans faille et peut occasionner des erreurs sous forme de mutations génétiques. » C’est ainsi, au gré du hasard de sa circulation chez ses hôtes, qu’un pathogène finit par devenir plus virulent, mais rarement plus mortel. « Un virus trop létal finit par se saboter et disparaître, un peu comme cela a été le cas avec le SRAS en 2003 », illustre-t-il.
La bonne nouvelle, c’est que le SRAS-CoV-2 mute moins fréquemment que les autres virus à ARN. Son rythme de mutation serait environ deux fois moindre que celui des virus grippaux, selon certaines approximations faites à partir de GISAID, une plateforme de collecte et d’analyse des données de séquences du SRAS-CoV-2. La mauvaise, c’est qu’une simple modification de l’un de ses quelque 30 000 nucléotides, des séries de ces fameuses briques élémentaires A, U, C et G qui forment le génome du virus, peut parfois avoir des implications cliniques dramatiques.
Ce serait le cas de la mutation D614G au sein de la protéine S, apparue en Europe en février 2020, donc au début de la crise. Elle allait devenir rapidement dominante parmi tous les variants du SRAS-CoV-2 alors en circulation, mentionne une étude parue l’été dernier dans Cell. « On sait désormais qu’elle améliore la pénétration du virus dans les cellules », confirme Pierre Talbot, expert en coronavirus humains et professeur à l’Institut national de la recherche scientifique. « Or, il est encore trop tôt pour juger de son importance relative dans la gravité de la pandémie. À ce stade-ci, ce n’est que pure spéculation », admet-il.
L’histoire s’est répétée ces derniers mois, alors que trois variants émergents, B.1.1.7, B.1.351 et B.1.1.28.1, ont défrayé la manchette. Ces derniers ont respectivement surgi au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil et arborent aussi des modifications sur la protéine S du coronavirus. Ils favoriseraient la transmission du virus − de 50 à 70 % dans le cas du premier, selon les observations préliminaires d’un groupe de chercheurs britanniques. D’autres variants apparaîtront ; notre ennemi nous réserve probablement encore bien des surprises.
Une autre caractéristique du détestable microbe est sa capacité à demeurer sous le radar tout en se propageant, chose que son aïeul de 2003 était incapable de faire. Un individu infecté par le SRAS commençait à être contagieux dès l’apparition des premiers symptômes, après une période d’environ 2 à 10 jours. Le SRAS-CoV-2 ne s’embarrasse pas de telles nuances ; très tôt, on a découvert que les gens contaminés par le virus contribuent à sa propagation bien avant de présenter des symptômes, après 5,7 jours d’incubation en moyenne. Pire encore : certains individus ne manifestent aucun symptôme bien qu’ils soient infectés.
Pour sa part, Pauline Verret a vu ses premiers symptômes bénins s’aggraver. Le 7 décembre dernier, sans crier gare, son état se détériorait soudainement. Mises au fait, ses filles pénétraient en zone chaude dans les heures suivantes pour la retrouver. Pas question de laisser leur mère rencontrer seule son destin. Le lendemain, en fin de journée, elle était au plus mal ; elle souffrait beaucoup. Conformément à ses souhaits, des soins de fin de vie lui furent dès lors administrés. Le 9 décembre en après-midi, veillée par ses enfants, Pauline Verret partait en paix. Elle avait 92 ans. Ce jour-là, le virus réclamait la vie de 7 autres personnes au Québec, portant un bilan des morts sans cesse croissant à 7 382 depuis le début de la crise.
Pour moi, la pandémie a désormais un visage familier. Le SRAS-CoV-2 a emporté la personne la plus souriante du monde. Une personne qui, comme tant d’autres, est passée à un cheveu de mourir seule, victime aussi bien d’un virus insidieux que d’un système l’ayant amenée à vivre les derniers mois de sa vie coupée de ses proches qui l’aimaient tendrement. Le SRAS-CoV-2 m’a pris ma grand-mère.